Die heutige Kirche hat eine bewegte Geschichte hinter sich und in ihren 60 Jahren drei Bauetappen erlebt. Anfangs der Zwanzigerjahre war das Bankvermögen des im Jahre 1904 in St. Moritz gegründeten Kirchenbauvereines Pontresina auf 24’000 Franken angewachsen. So konnte im Januar 1923 der ganze Gebäudekomplex des Restaurant-Casino Tais, bestehend aus Restaurant, Casino-Saal und einem darunter gebauten Stall, für 115000 Franken gekauft werden. Während das Restaurant noch in Betrieb blieb, wurde sogleich der Saal in eine Kirche umgebaut und schon am 15. Juli 1923 durch den Generalvikar von Chur, den späteren Bischof Dr. Laurentius Matthias Vinzenz, eingeweiht. Im Herbst des gleichen Jahres kam als erster Pfarrer Alois Bünter nach Pontresina, und damit begann 1923 das kirchliche und pfarreiliche Leben von römisch-katholisch Pontresina. 1927 folgte unter Pfarrer Josef Tuena und Architekt Eha, damals Direktor des Schlosshotels in Pontresina, eine zweite Bauetappe: Das Restaurant wurde zum Pfarrhaus umgebaut und ein romanischer Turm zwischen Pfarrhaus und Kirche eingefügt, der auch ein kleines Glöcklein aus dem Jahre 1597 zum Geschenk bekam. Das Innere der Kirche wurde kaum verändert. Die Sakristei befand sich noch hinten im Pfarrhaus. Auch war hinten noch eine kleine Empore mit Harmonium eingefügt.

Und so durfte die Pfarrkirche 30 Jahre lang Mittelpunkt des religiösen Lebens sein. Die Zahl der Katholiken wird mit ungefähr 200 angegeben, eine kleine, treue Schar, zu der zur Saisonzeit eine große Zahl Gäste hinzukam, um jeden Sonntag an der Eucharistiefeier teilzunehmen. Und jeden Sonntag läutete das kleine Glöcklein und lud zur Heiligen Messe ein. Pontresina wuchs. Die Kirche war mit ihren 100 Sitzplätzen vor allem in der Saison immer viel zu klein. So drängte die Situation zu einem Erweiterungsbau. Inzwischen hatte Pontresina zwei neue Pfarrherren erhalten: Pfarrer Dr. Anton Schmid und Pfarrer Attilio Lanfranchi, die aber nur je drei Jahre blieben. Nun aber kam im Jahr 1936 Pfarrer Johann Boos und blieb 33 Jahre – so lange wie bisher kein anderer Priester. Dank seiner Initiative hat Architekt Strässle von St. Gallen einen Bauplan entworfen. Im Juli 1955 konnte mit dem Erweiterungsneubau begonnen werden. Das Kirchenschiff wurde durch einen großen Chor verlängert. Dem Chorneubau wurde rechts eine Seitenkapelle (die so genannte Bruder-Klausen-Kapelle) und links die Sakristei angefügt. Dadurch erhielt die Kirche 100 Sitzplätze mehr und hat somit bis heute 200 bis 230 Sitzplätze. Auch wurde der Haupteingang neu gestaltet. Im Chor wurde eine Steinskulptur angebracht, eine schwebende Heilig-Geist-Taube, unter welcher zwölf Flammenzungen in feurigem Rot verteilt waren. Diese zweite, vergrösserte Pfarrkirche wurde am 30. November 1956 durch Bischof Dr. Christianus Caminada von Chur geweiht. Im Jahr 1973 erfuhr unsere Pfarrkirche unter Pfarrer Giulio Bondolfi einen Innenumbau, durch den die Empore dem Pfarrhaus einverleibt und eine grosse Orgel im Chorraum eingebaut wurde. Seither blieb unsere Pfarrkirche – abgesehen von kleinen Veränderungen – im Wesentlichen unverändert.