Die römisch-katholische Pfarrgemeinde Pontresina ist in ihrer Entstehung natürlich älter als 60 Jahre, sie ist vorreformatorisch. Schon zur Römerzeit kam im 10. Jahrhundert das Christentum von Oberitalien her ins Engadin. Pontresina gehörte damals pfarreilich zu Samedan, hatte aber schon drei eigene kleine Kirchen. Die älteste Kirche von Pontresina ist Santa Maria. SIe stammt ursprünglich aus dem 12. Jahrhundert. Die drei byzantinischen Freskenbilder sind Zeugen dieser Zeit. Eine zweite Kirche im Laret war San Nicolo, die heutige reformierte Ortskirche. Dann gab es aber auch im 15. Jahrhundert ein Kirchlein San Spiert, ganz in der Nähe unserer heutigen Heilig-Geist-Pfarrkirche. Das also sind Zeugen eines christlichen Pfarreilebens vor der Reformation. Sie kam zirka 1550 ins Oberengadin, und zwar durch Bischof Pier Paolo Vergerio von Capo d‘ Istria, der als glänzender Redner auch die Pontresiner bald für die neue Art des christlichen Glaubenslebens begeistern konnte. Statuen und Bilder wurden in die Bernina geworfen. Erwähnenswert ist aber auch, dass 1623 der protestantische Pfarrer von Pontresina, Johannes Jodoci, wieder zur römisch-katholischen Kirche übertrat, beeindruckt vom Märtyrertod des Fidelis von Sigmaringen bei Seewis im Prättigau am 24. April 1622. In der Folge verschwand dann für über 300 Jahre das römish-katholische Glaubensleben aus Pontresina. Ab 1891 sind dann wieder römisch-katholische Gottesdienste in Pontresina gefeiert worden, wahrscheinlich durch Kurgeistliche. Seit 1893 wurde von St. Moritz aus durch Pfarrer Sigron wieder regelmäßig im Gemeindesaal des Schulhauses Pontresina ein römisch-katholischer Gottesdienst gefeiert.
Pontresina wie auch Samedan gehörten jetzt zu St. Moritz. Von 1908 an wurde auch in Pontresina wieder regelmäßig Religionsunterricht erteilt. Als dann 1923 in Pfarrer Alois Bünter (der seit der Reformation erste röm.-kath. Pfarrer) nach Pontresina kam, begann das röm.-kath. Glaubensleben wieder offiziell im Pfarreiverband. Er verließ allerdings nach zwei Jahren wieder die Pfarrei, um Pfarrherr von Sachseln zu werden. Im April 1925 wurde der neue Pfarrer Josef Tuena installiert. Er wohnte noch in einem alten Engadinerhaus jenseits der Via Maistra. Dieses Haus soll sehr ärmlich gewesen sein. Es regnete bis in die Stube hinein, und der alte Ofen soll pro Tag einen Ster Holz verschlungen haben. Schon im Mai des gleichen Jahres kam erstmals der Bischof von Chur, Georgius Schmid von Grüneck, um 14 Kindern das Sakrament der Firmung zu spenden. Dabei soll schon ein kleiner Kirchenchor gesungen haben.
Die Pfarrer von Pontresina
| 1923 – 1925 | Alois Bünter |
| 1925 – 1932 | Josef Tuena |
| 1932 – 1934 | Dr. Anton Schmid |
| 1934 – 1936 | Attilio Lanfranchi |
| 1936 – 1969 | Johann Boos |
| 1969 – 1975 | Giulio Bondolfi |
| 1975 – 1979 | Alois Gwerder |
| 1979 – 1986 | Hans Hitz |
| 1987 – 1996 | Leo Ehrler |
| 2002 – 2023 | Dominik Anton Bolt |
| 08/2023 – 12/2023 | Audrius Micka Pfarradministrator |
| 2024 – | Marijan Benkovic Pfarradministrator |
Die Gemeindeleiter von Pontresina
| 1997 – 2002 | Theresia Gehle (Pastoralassistentin / Gemeindeleiterin) |
Im Mai 1927 wurde erstmals eine so genannte Volksmission durchgeführt, was doch auf eine schon recht aktive Pfarrgemeinde schließen lässt. Es wurde dann auch ein Töchterverein gegründet und 1930 eine kleine Pfarreibibliothek eröffnet. 1932 wechselte der Pfarrer. Es kam Dr. Anton Schmid, ein kränklicher Mann, der sich während seiner Amtszeit als Pfarrer einige Monate vertreten lassen musste und nach seinem Wegzug auch bald starb. 1934 wurde Attilio Lanfranchi Pfarrer und gründete mit Elan die Jungwacht, eine Art Bubenpfadi. Er blieb aber auch nur drei Jahre. Am 13. Oktober 1936 wurde Johann Boos als neuer Pfarrer von Pontresina installiert und blieb es 33 Jahre lang. Während seiner Amtszeit kamen die Kriegsjahre 1939-45. Noch im Kriegsjahr 1944 wurde der Pfarrsaal unter der Kirche eingeweiht. Es wurde ein Krippenspiel darin aufgeführt, der Kirchenchor konnte darin seine Proben abhalten und die Töchter haben für die Flüchtlinge gestrickt. In dieser Zeit wurde auch die Kirchgemeinde gegründet. Es wurden ihr zwei Filme gezeigt. Alles doch ein Beweis, dass die röm.-kath. Christen sich versammeln wollten und mit ihrer Zusammengehörigkeit auch ernst machten.
Es kamen die Nachkriegsjahre und damit allmählich die Zeit wachsender Konjunktur. Für diese Zeit ist es bezeichnend, was der damalige Pfarrer ins Jahresheft der Inländischen Mission schrieb: „Kurorte sind Kurorte. Im Großen und Ganzen ist der liebe Gott mit seinem Programm wenig willkommen. Ob all der Sorge für das Wohl und die Bequemlichkeit des Leibes wird von so manchen die Kur der Seele hintangestellt“. In dieser Zeit verschwanden der Kirchenchor, der Töchterverein und die Jungwacht. Die Chronik erwähnt nur noch lobend die starken Gottesdienstbesuche der vielen Gäste. 1969 erhielt unsere Pfarrei einen neuen Pfarrer in der Person des temperamentvollen Puschlavers Giulio Bondolfi. Unter seiner Initiative entstand im Jahre 1972 ein neuer Kirchenchor. Zugleich wurde zur Freude aller im Chorraum eine große Orgel eingebaut.
1975 wurde die Pfarrstelle wieder vakant und ersetzt durch Pfarrer Alois Gwerder, der nach vier Jahren wiederum Pfarrer Hans Hitz die Schlüssel der Pfarrei übergab. 1986 verliess er die Pfarrei und als sein Nachfolger kam 1987 Pfarrer Leo Ehrler, der 1996 als Pfarrer nach Celerina wechselte. In den Jahren 1997 bis 2002 hatte röm.-kath. Pontresina keinen eigenen Pfarrer mehr. Die Pastoralassistentin Theresia Gehle kam aus St. Moritz und übernahm die Gemeindeleitung.
Am 1. September 2002 bekam die Pfarrei San Spiert in der Person von Dominik Anton Bolt wieder einen Priester, der aber von der Diözese St. Gallen zum Dienst im Bistum Chur, also konkret in Pontresina, freigestellt wurde. Während eines knappen Jahres wirkte er als Pfarradministrator, bis er am 9. November 2003 von den Stimmbürgern und Stimmbürgerinnen der Kirchgemeinde zum Pfarrer gewählt wurde. Mit Datum vom 3. Juni 2005 hat der damalige Churer Diözesanbischof, Amédée Grab, Pfarrer Bolt in der Diözese Chur inkardiniert. Seitdem nimmt er als Churer Diözesanpriester seine Aufgaben als Pfarrer von Pontresina wahr.